2018年9月25日,北京开云(中国)Kaiyun生物技术有限公司(以下简称“开云(中国)Kaiyun”)携手BD(中国)(以下简称“BD”) 成立的开云(中国)Kaiyun—BD(中国)单细胞研究联合实验室举行揭牌仪式,并签署战略合作协议。BD全球市场总监Nikhil Rao,BD大中华区基因组业务部负责人於莉,BD基因组产品经理武鑫,开云(中国)Kaiyun产品研发中心技术总监潘良斌博士,开云(中国)Kaiyun科研服务事业部总经理孟晨等出席揭牌仪式。
签约仪式上,BD全球市场总监Nikhil Rao与开云(中国)Kaiyun产品研发中心技术总监潘良斌博士为实验室成立进行了揭牌仪式并签约,该实验室的建立旨在单细胞研究领域开展合作,共推单细胞测序技术进入临床转化新时代。
开云(中国)Kaiyun-BD(中国)单细胞研究联合实验室,汇集了BD的Rhapsody单细胞测序分析系统,开云(中国)Kaiyun的单细胞悬液制备体系和生物信息研究院团队,依托BD(中国)与开云(中国)Kaiyun多年临床转化的经验,为单细胞测序技术进入临床转化准备好了天时、地利、人和的沃土。联合实验室基于单细胞检测技术,开展单细胞靶向基因测序、单细胞蛋白检测、TCR/BCR检测, 共同开发国际一流的用于肿瘤、心血管疾病诊疗应用的单细胞检测panel,为疾病诊断、预后评估等提供有效参考。
单细胞测序技术临床转化
2009年单细胞测序技术问世,2015年及以后随着Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现,彻底降低了单细胞测序的成本门槛。单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究,相应成果也备受CNS青睐,如雨后春笋般频频出现在高分杂志。单细胞测序技术的研究成果涉及到肿瘤分型、靶向用药、免疫治疗,动植物胚胎发育,心血管疾病的发生发展机制等众多领域。
2017年,作为单细胞测序技术临床应用的拓荒者,耶鲁大学樊荣教授将单细胞测序技术应用于CART-T治疗的监测,他指出,“通过单细胞水平的检测,预测肿瘤的发展趋势,我们就有机会从整体水平上为患者制定更好的治疗方案。”为我们将单细胞测序技术应用于临床带来了思路和方向。
Rhapsody采用“分子标签”技术,基于微孔的原理,其卡式芯片可以在寡核苷酸条形码标记的磁性微球上,实现单细胞捕获和mRNA的反转录。然后通过磁铁将这些微球吸出合并到单个管中用于cDNA扩增和文库构建。构建好的文库使用Illumina测序平台对文库进行测序检测,即可一次性获得100~10000个单细胞的基因表达数据,从而实现在单细胞水平进行基因表达测序的目的。
BD Raphsody单细胞分选原理
Rhapsody 三大优势助力临床转化
1、每个panel可以选择100~1000个靶向基因,灵活订制。
靶向方法有助于提高单细胞测序效率,并推动对当今一些最具挑战性的科学领域的进一步探索。经验证的检测试剂盒(panel)显示稳定且可重现的细胞异质性阵列,可用于探索与众多应用相关的细胞类型。用户可根据需求定制引物,将检测范围集中在目标基因,大幅降低后续测序成本。目前已经推出了乳腺癌、免疫反应和T细胞三个靶向基因的检测Panel。
BD 单细胞靶向基因捕获原理
2、样品标记技术提高样品通量、同时降低建库成本。
Raphsody系统通过细胞表面通用蛋白的抗体与细胞表面的蛋白进行反应, 抗体的尾端加了一段样品标签和polyA组成的核酸序列(图3),此段核酸序列与单个细胞的mRNA一起进行反转录和测序。在得到测序数据后通过分析样品标签序列,从而对细胞进行样品来源的追踪。
基于该检测原理,一次实验最多可以同时混合12个样品进行单细胞测序实验,大大降低了单细胞测序的建库费用,进而降低了科研成本。
样品标记的原理
3、转录组与蛋白的联合研究,单细胞多组学研究的开创性技术。
mRNA在翻译成蛋白的过程,往往会发生转录后调控,而出现mRNA的变化趋势与蛋白不一致甚至相反的趋势。同时进行mRNA与蛋白的联合检测有利于我们更为完善的检测细胞内的分子信息,寻找到转录后调控的信息、mRNA的可变剪切信息、并通过2种分子的联合检测进一步提高细胞分群的解析度。
其检测原理主要是通过多种带有核酸序列的抗体与细胞同时发生反应,带有相应蛋白的细胞表面通过抗原抗体特异性结合作用而结合了相应的抗体,接下来对结合在细胞表面的抗体尾端的核酸序列和mRNA同时进行文库构建和测序工作。拿到测序数据后,通过数据分析抗体尾端核酸序列的信息,来获取单个细胞表面蛋白的信息,通过分析mRNA文库信息,获取单个细胞内基因表达的信息,从而实现同时获取单个细胞内mRNA和细胞表面蛋白的信息的目的。
单细胞mRNA与蛋白联合检测原理